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IQ-TREE

March 25, 2022: You can now simulate alignments under a wide variety of models in v2.2.0
May 17, 2021: We published a Code of Conduct for the IQ-TREE community
April 21, 2021: Rooting phylogenies 查看IQ Option平台 and Rootstrap measure is now available in v2.1.3

IQ-TREE key features

IQ-TREE - Efficient Tree Reconstruction

A fast and effective stochastic algorithm to infer phylogenetic trees by maximum likelihood. IQ-TREE compares favorably to RAxML and PhyML in terms of likelihoods with similar computing time (Nguyen et al., 2015).

ModelFinder - Fast and Accurate Model Selection

ModelFinder (Kalyaanamoorthy et al., 2017) enables a free rate variation model and is 10 to 100 times faster than jModelTest and ProtTest. It also finds best-fit partitioning scheme like PartitionFinder.

UFBoot - Ultrafast Bootstrap Approximation

UFBoot provides approximately unbiased branch support values and runs 100X faster than nonparametric bootstrap 查看IQ Option平台 and 10 to 40 times faster than RAxML rapid bootstrap (Minh et al., 2013).

Big Data Analysis

Supporting huge datasets with thousands of sequences or millions of alignment sites via checkpointing, safe numerical and low memory mode. Multicore CPUs and parallel MPI system are utilized to speedup analysis.

Version 2.0 Highlights

  • Input alignment (-s option) or partition (-p) can be a directory of alignment files
  • Inference of rooted trees using non-reversible models
  • Faster tree search under topological constraint (-g option)
  • Gene/locus trees inference (-S option) and concordance factor analysis (--gcf) between DNA, protein and codon models (--modelomatic option) (--symtest option) (--tbe option)
  • Site rate estimation by maximum likelihood (--mlrate option) for partitioned models

IQ-TREE supports a wide range of evolutionary models

Common Models

All common substitution models for DNA, protein, codon, binary and morphological data with rate heterogeneity among sites.

Partition Models

Phylogenomic partition models allowing for mixed data types, mixed rate heterogeneity types, linked or unlinked branch lengths.

Mixture Models

IQ-TREE is user-friendly and well-documented

W-IQ-TREE Web Service

User Support

Please refer to Frequently Asked Questions. For further feedback and bug reports, please 查看IQ Option平台 查看IQ Option平台 sign up and post a topic to IQ-TREE Google group.

The average response time is two working days.

User Documentation

Download

The stable IQ-TREE version 1.6.12 (August 15, 2019)

Windows

macOS

Linux

COVID-19 release 2.2.0 (March 25, 2022)

Getting started

What's new?

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How to cite?

To maintain IQ-TREE, support users and 查看IQ Option平台 secure fundings, it is important for us that you cite the following papers, whenever the corresponding features were applied for your analysis. Note that the paper of Nguyen et al. (2015) only described the tree search algorithm. Thus, it is not enough to only cite this paper if you, for example, use partition models, where Chernomor et al. (2016) should be cited.

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ORAN专题系列-7:5G O-RAN 分体式小基站Option7硬件白盒化的参考架构

文火冰糖的硅基工坊 已于 2022-06-13 19:09:08 修改 8348 收藏 35

摘要: Option7的分离式部署, O-DU7的硬件白盒化, O-RU7的硬件白盒化

一、分体式/分离式架构的进一步分类

1. O-RAN分离式架构

2. High-PHY和Low-PHY不同的部署选项

原先需要由 专用 的DSP数字信号处理器处理的PHY层协议,如何处置和安排?

根据把High-PHYLow-PHY部署DU或RU的方案不同,分为了4中选项:

如下称为Option6, Option7, Option8以及option7-8。

High-PHY和Low-PHY部署的方案不同,O-DU和O-RU之间的Front Haul接口协议也随之有差别,这是Front Haul比较复杂的一个最重要的原因,后续再用单独的章节讨论Front Haul接口协议的开放问题。

二、Option7部署选项

1. Option7-2的分离式 扁平 部署

在此部署中,把High-PHY部署在O-DU中,Low-PHY部署在O-RU中,这是O-RAN 5G新增加的方案。

O-RU7-2:

O-DU的数字处理单元:

2. Option7分离式 分层 部署

3. Option7部署下O-DU7的硬件白盒化

Option6部署时,是完全一样的

内存接口:DDR4

PCIe: PCIe v3或更高版本,用于连接DU所需要的硬件加速器。之所以选择PCIe这个接口,这是因为PCIe是通用计算机连接即插即用模块的标准接口。

串行ATA接口:支持SATA3或更高版本,用于连接硬盘设备,存放DU的所有软件代码和大数据。

SPI 接口: 用于连接Flash这样的存储设备。 存放固件firmware和不易丢失的数据。

Video口:视频接口O-DU是可选项

USB 接口:用于连接本地的设备

Miscellaneous接口:Jtag,串口等调试口。

以太网接口:提供标准的1GbE/10GbE/25GbE/40GbE/100G的以太网口。

PCIe: PCIe是通用计算机硬件平台的标准扩展接口,在这里用于连接专用的硬件加速模块

Timing :时钟同步接口,这个接口是,无线接入网有特殊的要求,如何在通用x86硬件平台上解决这个问题,需要专门的章节来讨论。

4. Option7部署下Front Gateway(FHGW7)的硬件白盒化:

前向和后向接口:

数字信号处理单元:

很显然FHGW7不是普通的以太网交换机,而是专用的数字信号处理单元,需要处理上图中的eCPRI协议层和IO user data层的数据,通常需要FPGA或专用的DSP来实现。

既然eCPRI是承载在以太网, 或者说是UDP之上的, 为啥不像FHGW6,直接使用普通的以太网交换或路由器,在O-DU和O-RU之间转发以MAC层或IP层数据呢?

  • 下行:支持蜂窝 小区级 (Cell)的数据的广播,而不是MAC层或IP层的广播
  • 上行:支持蜂窝 小区级 (Cell)的数据的汇集,而不是MAC层或IP层的汇集

(2)FHGW功能模块图的接口

  • 数字处理单元 :蜂窝小区级IQ数据的广播和汇集功能。
  • POE ++:power over ethernet,通过POE接口,可以给RU进行远程供电。
  • DC/DC:直流电源转换。
  • CLK: 本地时钟
  • Memory:DDR3/4内存
  • SPI: SPI flash,用于存放固件。
  • Debug interface:串口、Jtag调试口。
  • Ethernet : 以太网接口。

5. Option7部署下O-RU7的硬件白盒化

(1)O-RU7的架构图

(2)O-RU7的功能图

RU RF处理单元:

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ORAN专题系列-8:5G O-RAN 分体式小基站Option8硬件白盒化的参考架构

文火冰糖的硅基工坊 已于 2022-06-13 19:08:28 修改 6954 收藏 19

概述: Option8的分离式部署, O-DU8的硬件白盒化, O-RU8的硬件白盒化

一、分体式/分离式架构的进一步分类

1. O-RAN分离式架构

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2. High-PHY和Low-PHY不同的部署选项

原先需要由 专用 的DSP数字信号处理器处理的PHY层协议,如何处置和安排?

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如下称为Option6, Option7, Option8以及option7-8。

High-PHY和Low-PHY部署的方案不同,O-DU和O-RU之间的Front Haul接口协议也随之有差别,这是Front Haul比较复杂的一个最重要的原因,后续再用单独的章节讨论Front Haul接口协议的开放问题。

二、Option8部署选项

1. Option8的分离式扁平部署

这不是5G NR引入部署的方案,而4G LTE的部署方案。O-RAN并不推荐此部署

O-RU8:

O-DU的数字处理单元:

2. Option8分离式 分层 部署

3. Option8部署下O-DU8的硬件白盒化

除了多出一个CPRI控制接口外,其他与Option6, Option7部署时,是完全一样的

内存接口:DDR4

PCIe: PCIe v3或更高版本,用于连接DU所需要的硬件加速器。之所以选择PCIe这个接口,这是因为PCIe是通用计算机连接即插即用模块的标准接口。

串行ATA接口:支持SATA3或更高版本,用于连接硬盘设备,存放DU的所有软件代码和大数据。

SPI 接口: 用于连接Flash这样的存储设备。 存放固件firmware和不易丢失的数据。

Video口:视频接口O-DU是可选项

USB 接口:用于连接本地的设备

Miscellaneous接口:Jtag,串口等调试口。

以太网接口:提供标准的1GbE/10GbE/25GbE/40GbE/100G的以太网口。

硬件加速模块: 通过PCIe接口与数字处理单元相连,以便作为即插即用的子卡插入到通用计算机硬件平台上。

Timing : 时钟同步接口,这个接口是,无线接入网有特殊的要求,如何在通用x86硬件平台上解决这个问题,需要专门的章节来讨论。

CPRI : 通用公共无线电接口, 需要通过FPGA或专用芯片实现其功能。 通过PCIe接口与数字处理单元相连,以便作为即插即用的子卡插入到通用计算机硬件平台上。

4. Option8部署下Front Gateway(FHGW8)的硬件白盒化:

前向和后向接口:

数字信号处理单元:

  • 下行:支持蜂窝 小区级 (Cell)的IQ数据的广播
  • 上行:支持蜂窝 小区级 (Cell)的IQ数据的汇集

(2)FHGW功能模块图的接口

  • 数字处理单元 :蜂窝小区级IQ数据的广播和汇集功能。
  • POE ++:power over ethernet,通过POE接口,可以给RU进行远程供电。
  • DC/DC:直流电源转换。
  • CLK: 本地时钟
  • Memory:DDR3/4内存
  • SPI: SPI flash,用于存放固件。
  • Debug interface:串口、Jtag调试口。
  • CPRI : CPRI接口。

5. Option8部署下O-RU7的硬件白盒化

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(1)O-RU8的架构图

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(2)O-RU8的功能图

RU RF处理单元:

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